En la clasificación de los protozoos de Levine (1980), el género Giardia se incluye:
- phylum Sarcomastigophora

- subphylum Mastigophora
- clase Zoomastigophorea
- orden Diplomonadida
- familia Hexamitidae
- único género: Giardia.
- Giardia agilis
- Giardia muris
- Giardia Lamblia que causa la Giardiosis.
Existen dos genotipos para las cepas de G. lamblia, basados en la presencia de la secuencia señal GCG o ATC en la posición 22-24 del gen que codifica la subunidad pequeña del rRNA (SSU-rRNA):
- genotipo A o Polish (GCG)
- genotipo B o Belgian (ATC).